സംസ്ഥാന സർക്കാർ വഖഫ് ബോർഡ് പുനഃസംഘടിപ്പിച്ചതിലൂടെ എം.സി. മായിൻ ഹാജി പുതിയ വഖഫ് ബോർഡ് ചെയർമാനായി നിയമിതനായി. എന്നാൽ, അദ്ദേഹം മാറാട് വംശഹത്യ കേസിലെ രണ്ടാം പ്രതിയാണെന്ന തരത്തിലുള്ള പ്രചാരണങ്ങളും അതേത്തുടർന്നുള്ള രാഷ്‌ട്രീയ വിവാദങ്ങളും നിലനിൽക്കുന്നു.2003-ൽ നടന്ന രണ്ടാം മാറാട് കലാപവുമായി ബന്ധപ്പെട്ട ഗൂഢാലോചനയെക്കുറിച്ച് അന്വേഷിച്ച ജസ്റ്റിസ് തോമസ് പി. ജോസഫ് കമ്മീഷൻ റിപ്പോർട്ടിൽ മായിൻ ഹാജിക്ക് കലാപത്തെക്കുറിച്ച് മുൻകൂർ അറിവുണ്ടായിരുന്നുവെന്ന പരാമർശമുണ്ടായിരുന്നു.
പിന്നീട് ഈ ഗൂഢാലോചനയെക്കുറിച്ച് അന്വേഷിച്ച ക്രൈംബ്രാഞ്ചും തുടർന്ന് സി.ബി.ഐയും സമർപ്പിച്ച എഫ്.ഐ.ആറിൽ (FIR) മായിൻ ഹാജിയെ രണ്ടാം പ്രതിയായി റിപ്പോർട്ട് നൽകിയിരുന്നു. മാറാട് അക്രമം അഴിച്ചുവിടാന്‍ ലീഗ് നേതാക്കളായ പ്രതികള്‍ ഗൂഡാലോചന നടത്തി, കലാപകാരികള്‍ക്ക് പണവും സഹായവും നല്‍കി തുടങ്ങിയ കുറ്റങ്ങളാണ് സിബിഐ കോടതിയില്‍ സമര്‍പ്പിച്ച പ്രഥമ വിവര റിപ്പോര്‍ട്ടിലുള്ളത്. മായിന്‍ ഹാജിക്കുപുറമെ അന്നത്തെ വാര്‍ഡ് മെംബര്‍ കേസില്‍ ശിക്ഷിക്കപ്പെട്ട പി പി മൊയ്തീന്‍ കോയ, മാറാട് മഹല്ല് കമ്മിറ്റി അംഗങ്ങള്‍ തുടങ്ങിയവരാണ് പ്രതിപ്പട്ടികയില്‍ ഉള്ളത്.
കലാപത്തില്‍ പങ്കില്ലെന്നും, രാഷ്‌ട്രീയ ഗൂഡാലോചനയുടെ ഇരയാണ് താനെന്നുമാണ് ലീഗ് സംസ്ഥാനസെക്രട്ടി മായിന്‍ ഹാജിയുടെ പ്രതികരണം. അന്വേഷണം നേതാക്കളിലേക്ക് നീങ്ങുന്നതോടെ മുസ്ലീംലീഗ് ലീഗ് സമ്മര്‍ദ്ദത്തിലാവുകയാണ്. കേസിന്റെ ആദ്യനാളുകളില്‍ കേന്ദ്ര ഏജന്‍സിയുടെ അന്വേഷണത്തില്‍ ലീഗ് തടസവാദങ്ങള്‍ ഉന്നയിച്ചിരുന്നു. സംഭവത്തിനെതിരെ സമസ്ത ഉൾപ്പെടെ രംഗത്തെത്തിയിരുന്നു.
നിലവിലെ പുനഃസംഘടന അങ്ങേയറ്റം അവഹേളിക്കുന്നതും വേദനിപ്പിക്കുന്നതുമാണെന്ന് പത്രത്തിന്റെ എഡിറ്റോറിയലിൽ കുറ്റപ്പെടുത്തുന്നു.വഖഫ് ബോർഡിലും ഹജ്ജ് കമ്മിറ്റിയിലും അർഹമായ പ്രാതിനിധ്യം ഉറപ്പുനൽകിയിരുന്നുവെന്ന് എഡിറ്റോറിയലിൽ പറയുന്നു. വഖഫ് സ്വത്തുക്കളുടെ ഒരു ശതമാനം പോലും കൈകാര്യം ചെയ്യാൻ അർഹതയില്ലാത്തവർക്ക് ബോർഡിൽ അംഗത്വം നൽകിയതിനെയും എഡിറ്റോറിയൽ ചോദ്യം ചെയ്യുന്നുണ്ട്.
ഈ അനീതിക്കെതിരെ പോരാടുമെന്നും ഇവർ വ്യക്തമാക്കി. അതേസമയം, വഖഫ് ബോർഡ് പുനഃസംഘടിപ്പിച്ചുകൊണ്ടുള്ള സർക്കാർ ഉത്തരവ് ഉടൻ സ്റ്റേ ചെയ്യണമെന്ന മുൻ ചെയർമാന്റെ ആവശ്യം ഹൈക്കോടതി തള്ളി.